الجراحة هي العلاج الرئيسي بقصد علاجي للأورام خبيثةللأورام الخبيثة في البنكرياس والنتائج مرتبطة بوضوح بخبرةالفريق الجراحي. لتكون قادراً على إزالة الورم بقصد علاجي، من الضروري إجراء دراسة موسعة للتأكد من موقع المرض في البنكرياس ومن عدم وجود نقائل. اعتماداً على موقع الورم، يجب إجراء استئصال جراحي جذري بهدف القضاء التام. يمكن أن يؤثر مثل هذا التدخل على أعضاء مجاورة أخرى بالإضأذية إلى البنكرياس، مثل الاثنى عشر، والقناة الصفراوية البعيدة والمرارة، أو الطحال، كما يتطلب الاستئصال المعقد للأوعية الدموية المعقدة وإعادة ربطها. يجب إجراء هذه الأنواع من التدخلات في المؤسسات التي تتمتع بخبرة كبيرة في علاج هذه الأمراض. بناء على حالة وموقع الورم في البنكرياس، يمكن إجراء العملية الجراحية باستخدام المنظار لأن نتائج البقاء على قيد الحياة هي نفسها كما هو الحال في الجراحة المفتوحة وهناك تحسن كبير في تشخيص ما بعد الجراحة.

يجب تطبيق العلاج الجراحي للأورام الخبيثة في القناة الصفراوية البعيدة التي تقع تشريحياً داخل رأس البنكرياس. الإجراء الذي يتطلبه علاج هذا الورم هو نفس الإجراء الذي كان ضرورياً في سرطان رأس البنكرياس، ويشمل استئصال رأس البنكرياس، والاثني عشر، والقنوات الصفراوية والمرارة، وكذلك تشريح وإزالة جميع الغدد الليمفاوية في المكان. كما أنّ هناك حاجة لاحقة لإعادة ترميم القناة الهضمية والبنكرياس والقناة الصفراوية. 

مع الاستخدام الواسع لاختبارات التصوير عالية الدقة، نشهد زيادة كبيرة في الكشف عن أذيات البنكرياس التي يتم تشخيصها صدفةً. من المحتمل أن تكون مجموعة أذيات البنكرياس التي يتكرر تشخيصها أكثر في هذا السياق هي أذيات البنكرياس الكيسية. إن معرفة الحالة الراهنة للمريض ضرورية لإجراء تشخيص صحيح كما أنها ضرورية أثناء إجراء العمل الجراحي لأن مجموعة كبيرة جداً من هذه الأذيات لديها القدرة على أن تصبح خبيثة مع مرور الوقت. كما يمكن أن يستفيد بعض المرضى الذين يعانون من أذيات البنكرياس الكيسية التي تتطلب جراحة من الجراحة المتقدمة للبنكرياس مثل قلع البنكرياس أو استئصال البنكرياس المركزي، وهو مصمم لعلاج الأذية جراحياً والحفاظ على خلايا الغدد الصماء والغدد خارجية الإفراز في البنكرياس بشكل طبيعي قدر الإمكان.

وكما هو الحال مع المرضى الذين يعانون من أذيات البنكرياس الكيسية، فإن التشخيص العرضي لأورام الغدد الصم العصبية قد شهد زيادة ملحوظة في السنوات الأخيرة. وعلى عكس أورام البنكرياس الخبيثة وغالبية الأذيات الكيسية، فإن أصل هذه الأورام هي خلايا الغدد الصماء الموجودة في غدة البنكرياس. تفرز نسبة صغيرة من هذه الأورام الهرمونات التي يمكن أن تسبب أعراضاً سريرية وصفية اعتمادا على الهرمون المفرز وتركيزه. ومع ذلك، فإن معظم هؤلاء المرضى لديهم أورام غير مترافقة مع أي متلازمة إفراز هرموني وبالتالي لا تظهر عليهم أعراض. من الضروري إجراء دراسة مناسبة لهؤلاء المرضى من أجل اعتماد خطة العلاج التي تكفل مراقبتهم طوال مدة عملية الاستشفاء، وكذلك الحفاظ على وظيفة البنكرياس قدر الإمكان. 

يعاني مرضى التهاب البنكرياس المزمن من استبدال تدريجي للأنسجة البنكرياسية الطبيعية بأنسجة ليفية صلبة، وكذلك فقدان تدريجي للوظائف الرئيسية للبنكرياس، في كل من الغدد الصماء (تنظيم مستويات السكر في الدم)، والغدد خارجية الإفراز (تسهيل عملية الهضم). في بعض حالات التهاب البنكرياس المزمن المتقدم، قد يكون الوضع معقداً بسبب ظهور الألم الناتج عن انسداد القنوات البنكرياسية أو القنوات الصفراوية. والجراحة ضرورية في هذه الحالات لأنها تخفف الضغط عن القناة الصفراوية أو البنكرياس، وقد تتطلب في بعض الحالات استئصال جزء من غدة البنكرياس أو الغدة بأكملها. 

يمكن أن يؤدي التهاب البنكرياس الحاد إلى حدوث نخر وتراكم السوائل حول البنكرياس، والذي يمكن أن يتحول فيما بعد إلى تكيس مزمن. وهذا ما يسمى كيسة البنكرياس الكاذبة. من الضروري مراقبة هذه الأذيات وعلاجها إذا لزم الأمر لدى المرضى الذين يعانون من هذه المضاعفات لمنع حدوث مضاعفات في المستقبل. وفي الحالات التي تتطلب الجراحة عموماً في الجهاز الهضمي فإن العلاج الجراحي النهائي هو تصريف الكيس الكاذب من أجل تخفيف الضغط.

بالنظر إلى أن سرطان البنكرياس يمكن أن يتطور لفترة طويلة دون أن ينتج عنه أعراض، فإن نسبة عالية من المرضى لا تتوفر لهم أي إمكانية لتلقي العلاج الجراحي بمجرد تشخص المرض. يمكن أن يؤدي تقدم المرض لدى هؤلاء المرضى، وخاصة المصابين بالأورام الموجودة على رأس البنكرياس، إلى عرقلة القناة الصفراوية والاثني عشر، مما يحول دون تلقي الطعام عن طريق الفم. ويمكن إجراء مفاهرة جراحية للقناة الصفراوية والمعدة لعلاج هذه الأعراض بهدف استعادة القدرة على تناول الطعام بشكل طبيعي.